As you know, the idea is to see if we can get some quantitative data on the glycoproteins that we have identified so far, using the quantitative proteomics datasets from the ArcPP. I made a Box folder...

As you know, the idea is to see if we can get some quantitative data on the glycoproteins that we have identified so far, using the quantitative proteomics datasets from the ArcPP. I made a Box folder for you (https://upenn.app.box.com/folder/135421727830) to which I added the identified glycoproteins (Glycoproteins.csv) as well as different files for the different datasets, each of which starts with the PRIDE ID of the dataset it corresponds to. They contain different informations about identifications and quantifications, but for now, the task would be to check which of the identified glycoproteins shows up in the different datasets. So for now you don't need to worry about differentiating between identifications and quantifications but you can just check if the different HVO IDs show up in any of the files that correspond to one dataset.As an output, it would be great to have a csv table in which for all the glycoproteins it is listed in which datasets they have been found and ideally the corresponding file name as well.


HVO_2535 HVO_2533 HVO_1945 HVO_1944 HVO_1802 HVO_1806 HVO_1211 HVO_1210 HVO_2161 HVO_2160 HVO_2172 HVO_2167 HVO_2173 HVO_2070 HVO_2071 HVO_2074 HVO_2081 HVO_2076 HVO_2072 HVO_2082 HVO_2066 HVO_2062 HVO_2084 HVO_C0054 HVO_A0039 HVO_A0499 HVO_2634 HVO_1624 HVO_1259 HVO_1030 HVO_1988 HVO_1749 HVO_0892 HVO_B0194 HVO_1673 HVO_1176 HVO_0307 HVO_0972 HVO_0504 HVO_A0466 HVO_1014 HVO_1530 HVO_1976 HVO_1870 HVO_0778 Protein IDsMajority protein IDsPeptide counts (all)Peptide counts (razor+unique)Peptide counts (unique)Fasta headersNumber of proteinsPeptidesRazor + unique peptidesUnique peptidesPeptides DSP_antiLon_1Peptides DSP_antiLon_2Peptides DSP_antiLon_3Peptides DSP_antiLon_4Peptides DSP_antiNep_1Peptides DSP_antiNep_2Peptides DSP_antiNep_3Peptides DSP_antiNep_4Peptides FA_antiLon_1Peptides FA_antiLon_2Peptides FA_antiLon_3Peptides FA_antiLon_4Peptides FA_antiNep_1Peptides FA_antiNep_2Peptides FA_antiNep_3Peptides FA_antiNep_4Razor + unique peptides DSP_antiLon_1Razor + unique peptides DSP_antiLon_2Razor + unique peptides DSP_antiLon_3Razor + unique peptides DSP_antiLon_4Razor + unique peptides DSP_antiNep_1Razor + unique peptides DSP_antiNep_2Razor + unique peptides DSP_antiNep_3Razor + unique peptides DSP_antiNep_4Razor + unique peptides FA_antiLon_1Razor + unique peptides FA_antiLon_2Razor + unique peptides FA_antiLon_3Razor + unique peptides FA_antiLon_4Razor + unique peptides FA_antiNep_1Razor + unique peptides FA_antiNep_2Razor + unique peptides FA_antiNep_3Razor + unique peptides FA_antiNep_4Unique peptides DSP_antiLon_1Unique peptides DSP_antiLon_2Unique peptides DSP_antiLon_3Unique peptides DSP_antiLon_4Unique peptides DSP_antiNep_1Unique peptides DSP_antiNep_2Unique peptides DSP_antiNep_3Unique peptides DSP_antiNep_4Unique peptides FA_antiLon_1Unique peptides FA_antiLon_2Unique peptides FA_antiLon_3Unique peptides FA_antiLon_4Unique peptides FA_antiNep_1Unique peptides FA_antiNep_2Unique peptides FA_antiNep_3Unique peptides FA_antiNep_4Sequence coverage [%]Unique + razor sequence coverage [%]Unique sequence coverage [%]Mol. weight [kDa]Sequence lengthSequence lengthsQ-valueScoreIdentification type DSP_antiLon_1Identification type DSP_antiLon_2Identification type DSP_antiLon_3Identification type DSP_antiLon_4Identification type DSP_antiNep_1Identification type DSP_antiNep_2Identification type DSP_antiNep_3Identification type DSP_antiNep_4Identification type FA_antiLon_1Identification type FA_antiLon_2Identification type FA_antiLon_3Identification type FA_antiLon_4Identification type FA_antiNep_1Identification type FA_antiNep_2Identification type FA_antiNep_3Identification type FA_antiNep_4Sequence coverage DSP_antiLon_1 [%]Sequence coverage DSP_antiLon_2 [%]Sequence coverage DSP_antiLon_3 [%]Sequence coverage DSP_antiLon_4 [%]Sequence coverage DSP_antiNep_1 [%]Sequence coverage DSP_antiNep_2 [%]Sequence coverage DSP_antiNep_3 [%]Sequence coverage DSP_antiNep_4 [%]Sequence coverage FA_antiLon_1 [%]Sequence coverage FA_antiLon_2 [%]Sequence coverage FA_antiLon_3 [%]Sequence coverage FA_antiLon_4 [%]Sequence coverage FA_antiNep_1 [%]Sequence coverage FA_antiNep_2 [%]Sequence coverage FA_antiNep_3 [%]Sequence coverage FA_antiNep_4 [%]IntensityIntensity DSP_antiLon_1Intensity DSP_antiLon_2Intensity DSP_antiLon_3Intensity DSP_antiLon_4Intensity DSP_antiNep_1Intensity DSP_antiNep_2Intensity DSP_antiNep_3Intensity DSP_antiNep_4Intensity FA_antiLon_1Intensity FA_antiLon_2Intensity FA_antiLon_3Intensity FA_antiLon_4Intensity FA_antiNep_1Intensity FA_antiNep_2Intensity FA_antiNep_3Intensity FA_antiNep_4LFQ intensity DSP_antiLon_1LFQ intensity DSP_antiLon_2LFQ intensity DSP_antiLon_3LFQ intensity DSP_antiLon_4LFQ intensity DSP_antiNep_1LFQ intensity DSP_antiNep_2LFQ intensity DSP_antiNep_3LFQ intensity DSP_antiNep_4LFQ intensity FA_antiLon_1LFQ intensity FA_antiLon_2LFQ intensity FA_antiLon_3LFQ intensity FA_antiLon_4LFQ intensity FA_antiNep_1LFQ intensity FA_antiNep_2LFQ intensity FA_antiNep_3LFQ intensity FA_antiNep_4MS/MS count DSP_antiLon_1MS/MS count DSP_antiLon_2MS/MS count DSP_antiLon_3MS/MS count DSP_antiLon_4MS/MS count DSP_antiNep_1MS/MS count DSP_antiNep_2MS/MS count DSP_antiNep_3MS/MS count DSP_antiNep_4MS/MS count FA_antiLon_1MS/MS count FA_antiLon_2MS/MS count FA_antiLon_3MS/MS count FA_antiLon_4MS/MS count FA_antiNep_1MS/MS count FA_antiNep_2MS/MS count FA_antiNep_3MS/MS count FA_antiNep_4MS/MS countOnly identified by siteReversePotential contaminantidPeptide IDsPeptide is razorMod. peptide IDsEvidence IDsMS/MS IDsBest MS/MSDeamidation (NQ) site IDsOxidation (M) site IDsDeamidation (NQ) site positionsOxidation (M) site positions CON__A2A4G1;CON__P19012;CON__Q6IFX2;CON__Q9Z2K1;CON__Q3ZAW8;CON__Q497I4;CON__Q7Z3Y9;CON__O76014CON__A2A4G1;CON__P190126;3;2;2;2;1;1;12;0;0;0;0;0;0;02;0;0;0;0;0;0;0;862253101211440232101000000011001000100000001100100014.57.57.549.493456456;456;452;469;474;455;468;4710.00688471.0736By MS/MSBy matchingBy matchingBy matchingBy matchingBy matchingBy matchingBy matchingBy matchingBy matchingBy MS/MSBy matchingBy matching11.25201.53.5229.29.203.56.83.52040359267000000000118101849.50000000000000004351.500000010000000000010002+01269;1295;1645;2315;2587;2685False;False;True;True;False;False1448;1480;1890;2685;2994;3115;3116;3117;311810738;10739;10740;10741;10742;10743;10744;10745;10969;10970;10971;10972;10973;13992;18875;18876;18877;21168;21169;21170;22230;22231;22232;22233;22234;22235;22236;22237;22238;22239;22240;22241;22242;22243;22244;22245;22246;22247;22248;22249;22250;222517142;7281;9146;12149;13567;13568;13569;14317;14318;14319;14320;14321;14322;14323;14324;14325;14326;14327;14328;14329;14330;14331;143327142;7281;9146;12149;13567;143250;1;448;4490;1;2;3106;225;227;274102;221;267;271 CON__A2AB72CON__A2AB7221112111101010011011100000100000000000000010000000000004.63.13.151.1524534531-2By matchingBy matchingBy MS/MSBy matchingBy matchingBy matchingBy matchingBy matchingBy 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